Ao longo de mais de 50 anos de trabalho, o Departamento  de Oceanografia reuniu importante acervo científico que documenta não só toda a história do conhecimento oceanográfico a partir do início de seu funcionamento, como também a biodiversidade da plataforma continental e do domínio marítimo adjacente ao Brasil, com ênfase às regiões Norte e Nordeste, porém com abrangência geográfica que se estende até o norte da Argentina. Nesta área de abrangência geográfica, ressaltam-se as comissões oceanográficas nacionais e internacionais, tendo como principal área de prospecção a plataforma continental brasileira. O material resultante destas expedições, bem como o proveniente de inúmeras coletas costeiras e estuarinas, concomitantemente com os espécimes obtidos através de intercâmbios com outras coleções científicas nacionais (FURG, USP, MNRJ, UFRJ, UERJ, UESC, dentre outras) e estrangeiras (laboratórios de Paris, Washington, Frankfurt, etc) compõe um acervo conjunto de 15.000 lotes de crustáceos, 7.000 de moluscos, 4.000 de outros invertebrados (particularmente poliquetas e esponjas), 8.000 de plâncton (fitoplâncton e zooplâncton) e 1.300 de peixes.