Inaugurado em 03 de abril de 1987, o Museu de Arqueologia e Ciências Naturais da Universidade Católica de Pernambuco, com sua exposição "Um cemitério Indígena de 2.000 anos", surgiu com o intuito de divulgar a Pré-História de Pernambuco, vinda dos achados arqueológicos da professora Jeannette Maria Dias de Lima. As coleções científicas são constituídas por diversas tipologias, em grande parte por objetos arqueológicos e remanescentes humanos.

Desde sua inauguração, o Museu vem sendo visitado regularmente por professores, pesquisadores e estudantes das redes pública e privada do estado. Em 2016, o Museu ganhou um novo endereço no Palácio da Soledade que é uma edificação tombada como Patrimônio Histórico do Recife, onde também teve início a Universidade Católica de Pernambuco.

As coleções científicas configuram-se atualmente como de âmbito regional e estão divididas em nove coleções com cerca de 160.000 itens: Coleção de antropologia física, Coleção de arqueobotânica, Coleção etnológica, Coleção paleontológica, Coleção zooarqueológica, Coleção de herpetologia e Coleção documental e fotográfico.