O  Museu foi fundado em 21/11/1954 por iniciativa da irmã Maria da Paz, superiora da comunidade religiosa que dirigiu a instituição. Foi oficializado em 1961, quando foi registrado no Ministério da Educação e Cultura. Em 1962, o seu acervo foi organizado e funciona em uma sala pertencente à instituição, Unidade Educacional Coração Imaculado de Maria - UNECIM. Em suas atividades utiliza-se dos espaços da biblioteca, sala de vídeo e mecanografia da unidade educacional. E por ela é mantido financeiramente. Os bens culturais que compõem o núcleo inicial do museu foram doados pelo Monsenhor Vital Gurgel Guedes, vigário da paróquia. Acervo formado por quadros, rochas da Divisão de Geologia e Mineralogia do Rio de Janeiro, dois animais empalhados do Instituto de Zoologia. Outros animais empalhados também foram doados pelo Sr. Boanerge Marinho (Pará), indumentárias feitas pelos índios e doadas por Dom Eurico Krauser, bispo do Xingu e souvenirs.